JR山陰本線の市内駅。旧駅舎は1904年（明治37）に京都鉄道会社（のち国鉄が買収）が建てた木造2階、延べ1312㎡。平安神宮本殿を模した入母屋造で、現存駅舎ではわが国最古。当時駅舎2階に同鉄道の本社があった。今後は梅小路蒸気機関車館に移築し、館のエントランス・展示館として保存。
嵯峨野線（山陰本線）二条～花園間の高架化工事にともなって平成8年3月16日に新駅舎となった。高架橋上のアーチ型の大屋根が目を引きます。
駅周辺に残されている二条城などの歴史的景観と調和しながら、駅の独自性も表現するデザインである。東の旧市街と西側の再開発地域とを結ぶゲートとしての象徴性をもたせている。大屋根の両サイドは大徳寺の孤蓬庵にある縞笠門の形態をモチーフとして、柔らかく包み込みような曲線を描いている。（平成8年6月ブルネル賞建築部門の奨励賞受賞）
