神應寺は、その近隣にある石清水八幡宮を建立した行教律師によって860年に創建されたと言われています。このお寺は元々、日本の伝説的な第15代天皇である應神天皇の御牌所として建てられました。 神應寺は室町時代（1336～1573）から曹洞宗の寺院です。ここは豊臣秀吉（1537～1598）や、徳川家康（1543～1616）をはじめとする徳川将軍などの権力者たちから崇拝されてきました。 本堂には、医学と治療の仏様である薬師如来の像が安置されています。また、衣冠束帯の豊臣秀吉像や、国指定重要文化財である平安時代（794～1185）初期の行教像もあります。行教像は元々、石清水八幡宮がかつて神道と仏教を融合して信仰する神仏習合の場であった頃、石清水八幡宮に安置されていました。1868年の政府の命による神仏分離が行われた後、神應寺に移されました。 神應寺の奥の谷には奥の院と称される数棟のお堂があり、その中の一棟では仏教の明王である不動明王が祀られています。また、「ひきめの滝」で滝行を行うために奥の院を訪れる参拝者もいます。